Arturo Frondizi fue electo Presidente de la Nación el 23 de febrero de 1958 en elecciones convocadas por el gobierno de facto de la denominada Revolución Libertadora, con proscripción del Partido Peronista. El radicalismo se escindió entre un sector antiperonista y el sector liderado por Frondizi, que surge como candidato opositor al gobierno militar y a su política económica. Sus principales enunciados programáticos giraron en torno a un programa de desarrollo y de reconciliación nacional, a partir de una amplia amnistía, el reestablecimiento de las conquistas sociales y la normalización de la CGT con elecciones libres en los gremios. Tras asumir su mandato el 1° de mayo de 1958, Frondizi sancionó una Ley de amnistía y restableció el sindicato único por rama y por industria a través de la Ley de Asociaciones Profesionales. Las medidas que se pusieron en marcha en materia económica, petrolera y educativa, despertaron rápidamente el rechazo de los sectores medios y obreros. La denominada "Batalla del Petróleo", que tenía como fin el autoabastecimiento del país en dicha área, objetivo logrado mediante la firma de contratos de explotación petrolera con empresas extranjeras como Standard Oil y Banca Loeb (Estados Unidos), Royal Dutch (Holanda), Shell (Gran Bretaña), ENI (Italia) y Aquitanie-Forest (Francia). También se concedieron licencias de explotación carbnífera en Río Turbio. El “Plan de Estabilización y Desarrollo” consistía en una serie de medidas que buscaban promover el desarrollo de las industrias de base acudiendo para ello a los capitales externos, con su contracara de ajuste del gasto público y transferencia de recursos a los sectores más concentrados de la economía. Se promulgó además una Ley de inversiones extranjeras que otorgaba beneficios y amplias libertades a la radicación de capitales, lo que redundó en un fuerte impulso a la industria automotriz, la siderurgia, el carbón, la petroquímica, la química, la metalúrgica, entre otras. Acompañaba este programa, un “Plan de Racionalización y Austeridad” que afectaría a YPF y otras empresas estatales. Se multiplicaron las huelgas por parte de ferroviarios, bancarios, metalúrgicos, entre otros sectores. Ante la huelga de los trabajadores del petróleo y la agudización posterior de la conflictividad social, el gobierno respondió con la aplicación del llamado Plan Conintes (Conmoción Interna del Estado) y la imposición del Estado de Sitio en todo el territorio nacional, el que se mantuvo en vigencia durante todo su mandato. Respondiendo a la presión militar, Frondizi desplazó a su más estrecho colaborador, Rogelio Frigerio y a todos los funcionarios ligados a él, acusados de comunismo. El nombramiento de Álvaro Alsogaray como Ministro de Economía y Trabajo señala la profundización del rumbo liberal de la política económica, produciendo recesión económica, aumento vertiginoso en el costo de vida y una fuerte inestabilidad política. Otro importante frente de conflicto se produjo en torno a la universidad pública, que perdía su monopolio sobre la educación superior a partir de la habilitación a universidades privadas para expedir títulos profesionales. La disposición contaba con el beneplácito de los sectores católicos y el rechazo de la Federación Universitaria Argentina, que organizó con el apoyo de los sindicatos, los estudiantes secundarios y los partidos políticos de oposición, una de las movilizaciones más grandes de la historia del movimiento estudiantil argentino bajo la consigna de "Laica o Libre". La política exterior fue un eje prioritario de la gestión de gobierno, lo cual se evidencia en las permanentes giras y visitas del Presidente a EEUU, Europa y países asiáticos, además de los encuentros con sus pares latinoamericanos. En el contexto planteado por la Guerra Fría y el triunfo de la revolución cubana, se buscó un acercamiento a la administración demócrata de Kennedy en Estados Unidos intentando a la vez mantener una línea independiente basada en los principios de la no intervención y el respeto a la autodeterminación de los pueblos. Un momento clave en ese sentido tuvo lugar durante la Conferencia de la Organización de Estados Americanos reunida en Punta del Este en enero de 1961, cuando Argentina se opuso a la exclusión de Cuba del sistema interamericano. Poco después, la reunión que Frondizi sostuvo con Ernesto Che Guevara y que fuera tan duramente cuestionada por los militares, se explicaba por el rol de mediador que el gobierno aspiraba tener entre Cuba y EEUU. En lo referente a las políticas de defensa y seguridad interior, este período se caracteriza por la difusión en el continente de la llamada Doctrina de la Seguridad Nacional impulsada desde los EEUU. Se crea un Ministerio de Defensa, que subordina a un funcionario civil las secretarías de Guerra, Marina y Aeronáutica, pero se evidencia un proceso de creciente militarización de las funciones de policía y seguridad del estado. El mencionado Plan Conintes constituyó un importante antecedente en cuanto a esa redefinición del rol de las FFAA como garantes del orden democrático frente al “enemigo interno”, ya sea comunista o peronista. La influencia que ejercieron las FFAA sobre el gobierno civil a lo largo de este período tuvo también otra manifestación pública en los denominados “planteos” militares, que en más de treinta oportunidades pusieron a Frondizi en situación de responder a sus exigencias. En un tardío intento de relegitimación, el gobierno habilitó la participación del peronismo en las elecciones de marzo de 1962, en las que resultaron electos candidatos peronistas para la gobernación de diez provincias, incluida Buenos Aires, donde triunfó el dirigente textil Andrés Framini. Ante la exigencia militar de anulación de las elecciones, se optó por decretar la 4 intervención de las provincias donde había triunfado el peronismo, lo que no conformó a las FFAA. Frondizi fue depuesto el 29 de marzo de 1962 por medio de un golpe militar, siendo reemplazado por el presidente del senado José María Guido en un remedo de sucesión institucional. Frondizi fue recluido en la isla Martín García y luego trasladado a Bariloche. El Presidente provisional anuló las elecciones y clausuró el Congreso Nacional, permaneciendo en el poder hasta el 12 de octubre de 1963, cuando asumió Arturo Illia.

La Fundación Centro de Estudios Nacionales (CEN) se constituye legalmente en agosto de 1963 presidida por Arturo Frondizi (1908-1995), luego del derrocamiento de su gobierno el 29 de marzo de 1962 por medio de un golpe militar. Su primer Consejo de Administración estuvo integrado por Emilio Donato del Carril, David Blejer, Eduardo Santiago González y Mariano Wainfeld, quienes dejan constancia ante la Inspección General de Justicia que “el capital inicial de la Fundación lo constituye el archivo y biblioteca existente en la casa de la calle Luis María Campos 665”, donde fijaba su sede. Se trataba en verdad de una refundación, ya que puede constatarse una importante línea de continuidad entre la labor que desde entonces desarrolló el CEN y la que se llevaba adelante desde 1956 en torno a la propuesta política impulsada por Arturo Frondizi y Rogelio Frigerio en una entidad de similares características que aparece mencionada en los documentos como Centro de Investigaciones Nacionales (CIN).
Teniendo como punto de partida el archivo personal reunido por Arturo Frondizi, en el CIN se desarrollaron tareas de búsqueda y sistematización de información – seguimiento de la prensa, publicaciones oficiales, bibliografía – en base a la cual se elaboraban informes, documentos de análisis y propuestas. En estrecha relación con esta estructura se encontraba la revista “Qué sucedió en siete días”, fundada en 1946 por Baltazar Jaramillo, clausurada en 1947 y dirigida por Rogelio Frigerio desde su relanzamiento en 1956.
Si la revista “Qué” tuvo un rol fundamental en la campaña presidencial de Arturo Frondizi como órgano de articulación y expresión de esta corriente hacia el ámbito público, el Centro de estudios ocupaba un lugar menos visible pero no por eso menos importante, desde el cual brindaba un soporte material y simbólico a la apelación científico-técnica que caracterizó el discurso político del desarrollismo. Algo de esto se expresaba en la forma en que esta estructura llegó a ser conocida en la época: “la Usina”, el “laboratorio de ideas” del frondizismo.
Tras el triunfo de la UCRI en febrero de 1958, el equipo del CIN continuó sus tareas bajo la dirección de Rogelio Frigerio, hasta que éste asume como Secretario de Relaciones Económico Sociales del nuevo gobierno. Esta estructura se relacionará cotidianamente con la Presidencia bajo la dirección de Alfredo Gitelli, funcionado como “Archivo Privado del Dr. Arturo Frondizi” y ocupando la misma sede en la Capital Federal que el anterior CIN y que el futuro Centro de Estudios Nacionales (CEN): Luis María Campos 665. Los insumos y el dinero para cubrir los gastos de funcionamiento que esta estructura requería (incluyendo los sueldos del personal) provenían de la Presidencia de la Nación. Las sospechas y acusaciones sobre la existencia de un “gobierno paralelo” durante el mandato de Frondizi suelen aludir a este lugar como al aparato frigerista que actuaba “en las sombras”. Incluso circulaban a través del periodismo comentarios sobre la “super S.I.D.E. de Luis María Campos”. Allí se recibía diariamente documentación oficial proveniente de las distintas secretarías de gobierno, que a la vez lo utilizaban como fuente de consulta permanente. De esta manera se fue dando lugar a la reunión de materiales de distintas procedencias, los que constituirán la base sobre la cual la Fundación Centro de Estudios Nacionales ampliará su acervo documental.
Tanto en sus presentaciones legales ante el Estado, como a través de la prensa y de su folletería, el CEN se presenta en 1963 como una entidad que se dedicaría a “promover el estudio de la realidad nacional, con el fin de dar bases rigurosamente científicas a cualquier acción de carácter social, político, económico o cultural que se desee programar en beneficio del país”, declarando que “con este objeto encara el conocimiento y soluciones de los problemas nacionales al margen de toda facción o embanderamiento político”. Sosteniendo siempre su discurso en esos principios de cientificidad, nacionalismo y apoliticismo, el CEN constituyó en la práctica un espacio de producción y difusión político-cultural del desarrollismo. Con ese objetivo, organizó gran número de cursos, conferencias y seminarios, actividades a través de las cuales no solamente renovaba su contacto con intelectuales, organizaciones empresarias, embajadas, asociaciones profesionales e institutos de estudios sino que también eran para el CEN el modo de acercar a posibles simpatizantes. Los años sesenta parecen haber sido los de mayor actividad pública del CEN. Entre los conferencistas se pueden mencionar, además del propio Arturo Frondizi, a Félix Luna, Oscar Camilión, Antonio Salonia, Rogelio y Octavio Frigerio, Roberto Aleman, Juan Ovidio Zabala, David Blejer, Isidro Odena, Ángel M. Centeno, Diógenes Taboada, Vicente Sierra, Arturo Sábato, Roberto Risso Patrón, Marcos Merchensky y Carlos Florit, entre otros.
A la vez, la institución impulsó la formación de grupos de trabajo dedicados a la investigación y recopilación de documentos y a la elaboración de estadísticas e informes sobre un amplio espectro temático. La labor del CEN se vinculaba en distintos sentidos con la actividad del Movimiento de Integración y Desarrollo, por ejemplo brindando apoyo al trabajo de sus legisladores. La institución sostuvo, además, una activa política de difusión a través de la publicación de libros y folletos con sello CEN o Editorial Desarrollo. Poco tiempo después del fallecimiento de Arturo Frondizi, en 1995, el Consejo de Administración del Centro de Estudios Nacionales resolvió donar su patrimonio documental a la Biblioteca Nacional. En 1998 se dispone formalmente su disolución.