A Comissão Nacional de Energia Nuclear (CNEN) foi criada em 10 de outubro de 1956 subordinada à Presidência da República, tendo por atribuição encarregar-se de propor as medidas julgadas necessárias à orientação da política geral da energia atômica em todas as suas fases e aspectos.
Pela Lei Nº 4.118, de 27 de agosto de 1962, a CNEN torna-se uma autarquia federal. Pelo Decreto Nº 51.726, de 19 de fevereiro de 1963, é fixado o Regulamento da CNEN: “A Comissão Nacional de Energia Nuclear (CNEN), Autarquia Federal criada pela Lei nº 4.118, de 27 de agosto de 1962, Órgão com personalidade jurídica, autonomia administrativa e financeira, com sede e foro na Capital da República e com jurisdição em todo território nacional, diretamente subordinada ao Presidente da República, tem por finalidade estudar e propor ao Governo a orientação da Política Nacional de Energia Nuclear e executá-la em todas as suas fases e aspectos”.
À época da ditadura civil-militar, por seu alto grau estratégico no que se refere ao Plano Nacional de Energia Nuclear, contava com um Setor de Segurança e Informações, que funciona como uma Assessoria de Segurança e Informações (ASI) ou Assessoria Especial de Segurança e Informações (AESI), que eram instaladas nas entidades vinculadas aos ministérios (autarquias e empresas públicas), que eram subordinadas às Divisões de Segurança Nacional de seus respectivos ministérios. Como salienta Carlos Fico, o órgão de informação de um ministério civil era a sua “Divisão de Segurança e Informações”, e em cada órgão importante da administração pública existia uma “Assessoria de Segurança e Informações” (ASI), por vezes chamada de “Assessoria Especial de Segurança e Informações” (AESI). Portanto, no âmbito de um ministério civil havia uma DSI e várias ASI e/ou AESI. Estas estruturas eram responsáveis pela investigação de funcionários, entidades e demais pessoas que mantinham relações profissionais com o órgão ou entidade pública em que estavam instaladas, no intuito de eliminar da administração pública os setores, grupos ou indivíduos, assim como seus simpatizantes, que fizessem oposição ao governo ditatorial.
No ano de 1986, mediante o Decreto Nº 93.337 de 6 de outubro, a CNEN passa a estar vinculada à Presidência da República, para, na área de sua competência, prestar assessoramento ao Presidente da República, sendo transferida da área de competência do Ministério das Minas e Energia com o respectivo quadro de pessoal, acervo e recursos de qualquer natureza.
Em 1990 a CNEN passa a estar vinculada à Secretaria de Assuntos Estratégicos. Já em 1999, a partir de janeiro, a CNEN passa a estar vinculada ao Ministério Extraordinário de Projetos Especiais, e, em agosto desse mesmo ano, a CNEN passa a estar vinculada ao Ministério da Ciência e Tecnologia.
Atualmente, compete à CNEN estabelecer normas e regulamentos em radioproteção e segurança nuclear, desenvolver pesquisas voltadas à utilização de técnicas nucleares em benefício da sociedade, e assessorar o Ministério da Ciência e Tecnologia (MCT) na formulação da Política Nacional de Energia Nuclear.
Compete também à instituição exercer o controle das atividades nucleares de maneira a garantir o uso seguro e pacífico da energia nuclear. Para tanto, licencia e controla instalações nucleares e radioativas, sejam da área médica, industrial, de pesquisa ou geração de eletricidade. Credencia os profissionais que atuam nessas instalações e responde pelo destino final dos rejeitos gerados.
A CNEN conta com 14 unidades localizadas em nove estados brasileiros, além de deter o controle acionário das duas indústrias do setor: Indústrias Nucleares do Brasil S/A – INB, que atua no ciclo do combustível nuclear, e Nuclebrás Equipamentos Pesados S/A – NUCLEP, que atua na área de caldeiraria pesada para usinas nucleares ou unidades convencionais. Também conta com cinco institutos de pesquisa, localizados em Minas Gerais, Rio de Janeiro, São Paulo e Pernambuco.