Tras el golpe del 24 de marzo de 1976 se dictaron una serie de Actas Institucionales – el Acta para el proceso de reorganización nacional del 24 de marzo; el Acta estableciendo el propósito y los objetivos básicos para dicho proceso, de la misma fecha; el Estatuto para el mismo proceso del 31 de marzo; y la ley 21256, que aprobaba el Reglamento para el funcionamiento de la Junta Militar, el Poder Ejecutivo Nacional y la Comisión de Asesoramiento Legislativo (CAL), del 26 de marzo de 1976 –, dicha Junta estableció una seudo-legalidad. El presidente debía elegirse entre oficiales superiores de las fuerzas armadas y tendría atribuciones ejecutivas, legislativas y de nombramiento de funcionarios nacionales y provinciales. Dicho cargo recayó en uno de los miembros de la Junta Militar, el general Videla, quien hasta agosto de 1978 fue simultáneamente Comandante en Jefe del Ejército.
Las Actas Institucionales disponían la participación de las tres armas, por partes iguales en el manejo del Estado. De este modo, las distintas áreas del gobierno nacional y los gobiernos provinciales fueron repartidos equitativamente. De acuerdo con este sistema, cada arma tendría 33% del poder, no sólo en el poder Ejecutivo, sino también en el Legislativo – la Comisión de Asesoramiento Legislativo (CAL), órgano integrado por oficiales en actividad cuya función era la de estudiar la creación de nuevas leyes. Asimismo, cada ministerio estuvo a cargo de un arma y cada funcionario designó a sus colaboradores de acuerdo con el estricto sistema castrense de lealtades personales. Pero también cada ministerio a cargo de un arma tuvo delegados militares observadores de las otras dos armas, y de las tres en el caso de ministerios a cargo de civiles (como, por ejemplo, el de Economía). Este sistema particular de controles mutuos, teóricamente tuvo por objetivo evitar la excesiva concentración de poder en una determinada arma y garantizar la incorruptibilidad del sistema. En la práctica, sin embargo, terminó generando una estructura decisoria de alto nivel de conflictividad, donde se exacerbaron las rivalidades entre las tres armas, las internas dentro de cada arma y las luchas personales por controlar mayores espacios de poder.
Sin embrago, Canelo advierte que la primacía del Ejército se hizo sentir especialmente en la Presidencia de la Nación, que la Fuerza de tierra conservó durante toda la dictadura. El presidente tenía facultades ejecutivas y legislativas, debía designar a los jueces de los tribunales inferiores de la Nación y a los gobernadores provinciales. También debía establecer el número de ministros y secretarios, sus funciones y vinculación de dependencia. Controlaba al gabinete a través de la estratégica Secretaría General de la Presidencia, encargada de la coordinación técnica de los ministerios, y de la designación, en cada cartera, de un delegado militar por cada una de las tres Fuerzas; en caso de ausencia temporaria o acefalía debía ser reemplazado por el Ministro del Interior, cargo que permaneció en manos del Ejército durante toda la dictadura.
El Ejército también predominó, y lo hizo durante toda la dictadura, en las importantes Secretarías de la Presidencia, que gozaban de un status similar al de los ministerios y al de la Casa Militar. La Secretaría General y la Secretaría de Inteligencia del Estado estuvieron casi excluyentemente en manos del Ejército, mientras que funcionarios de las tres Fuerzas y civiles se alternaron en la Secretaría de Información Pública, y también en las de Planeamiento y Cultura, de posterior creación. La jefatura de la Casa Militar era de desempeño rotativo.
La Secretaría de Prensa de la Presidencia de la Nación estuvo directamente relacionada con la represión ejercida en la última dictadura cívico-militar argentina. Por ejemplo, en el listado parcial de militares, policías y personal civil que revistió en la represión entre los años 1976-1984, mencionase el vice-almirante Carlos Pablo Carpintero (o Pedro Pablo), que actuó como Secretario de prensa de la presidencia de la República entre 1976-1977, adjunto al general Jorge Rafael Videla. Carpintero fue el ideólogo del aparato de propaganda, desinformación y censura de la dictadura, siendo amigo del almirante Torti, que suele presentarse como un “ideólogo” de la guerra sucia. Por su vez, Virgilio Nunez Almeida hacia mediados de 1977 actuaba como jefe de la división de Prensa del comando en jefe del ejército, y fue el ideólogo de las campanas psicológicas de hostigamiento de la población organizadas por el ejército durante la sucia guerra.
Además, los distintos servicios de prensa se encontraban entrelazados, como en el caso del servicio de Prensa del Ministerio de Relaciones Exteriores, donde el teniente de Ejército Alberto González Menotti – torturador en la Escuela de Mecánica de la Armada – trabajó bajo cobertura legal durante algún tiempo en la Embajada argentina en Londres. Menotti se encargaba, entre otras cosas, de coordinar los cursos de entrenamiento que recibían en Europa oficiales argentinos por parte de las empresas vendedoras de armas y asistencia represiva. En el caso de Hernán Manzini Ezcurra, Ministro Consejero en Exteriores y posterior director de Prensa – propaganda de la dictadura – organizó personalmente los comandos terroristas con actuación en el exterior, por intermedio del General Valin, jefe de la inteligencia militar designado por el propio Hernán Manzini. También se puede mencionar, a título de ejemplo, Raúl Portal, que durante diez años (1968-1978) fue funcionario de la Secretaría de Prensa del Ministerio del Interior, y fue responsable por encabezar una cruzada para limpiar la “imagen del país” que se tenía afuera. Para eso Portal, junto a otras personas, fundó para una radio, financiada por el gobierno militar.
Grupos empresariales también estaban involucrados con el personal de la Secretaría de Prensa. Tal es el caso de la subsidiaria del Grupo Juncadella en España, la empresa Afha, inscrita como una “sociedad agraria, inmobiliaria, constructora y agencia de publicidad”. Entre los accionistas de Afha figuraban los hermanos Juncadella y el almirante Jorge Montes, por entonces canciller de la dictadura. El representante de Afha en España era el capitán de fragata Eduardo Aldao, amigo y compañero de promoción del también capitán de fragata Carlos Pablo Carpintero, secretario de Prensa e Información de la junta militar. Afha firmó contratos con la fábrica estatal de explosivos Río Tinto y realizó grandes exportaciones sin que luego se pudiera precisar cuál había sido su destino final.