El Periódico Fortín Mapocho fue fundado en 1947, como órgano oficial de comerciantes y deportistas de vegas y mercados municipales de Santiago, con una circulación bimestral, trimestral o semestral. Aunque en sus orígenes tuvo un estilo gremial.
Tras el golpe militar de 1973 la mayoría de los medios de comunicación de izquierda, como las revistas Punto Final y Chile Hoy, así como los diarios La Prensa, Puro Chile y El Clarín, fueron suprimidos. En enero de 1977, la Junta de Gobierno lanzó el decreto N° 107, en el cual manifestaba que cualquier persona que quisiera crear un nuevo medio de prensa debía contar con la autorización del gobierno. Esto permitió que desde fines de 1970 comenzaran a aparecer un sinnúmero de publicaciones entre las cuales destacan la revista Hoy (1977), APSI (su primer número salió en 1976, pero la autorización de venta en quioscos se permitió en 1981), Cauce (1983), Análisis (que en 1977 nació como una revista de la Academia de Humanismo Cristiano con el nombre Revista de la Academia), y el diario La Época (1987), por nombrar algunos de los más emblemáticos. En febrero de 1984 se produjo un cambio de línea editorial con la incorporación de miembros de partidos políticos que propiciaban la reinstalación de la democracia en el país. Con esta nueva composición, el periódico se definió como de abierta oposición al régimen militar, postura que lo hizo objeto de represión y amedrentamiento por parte de los efectivos de seguridad del Estado. Desde este momento además, su circulación se hace quincenal, con algunas publicaciones extraordinarias de pocas páginas. Es sin embargo en 1988, con el advenimiento de los plazos establecidos en la Constitución de 1980, que comienza a editarse diariamente como una manera de contrarrestar más efectivamente los sistemas de información oficialista.
Una segunda etapa del periódico comenzó cuando fue comprado por el democratacristiano y opositor a la dictadura Jorge Lavandero, a principios del 1984, desafiando de este modo el control para la creación de nuevos medios de prensa, al adquirir un periódico que ya existía. La dictadura intentó impedir su circulación argumentando que se trataba de una publicación nueva que debía ser aprobada por la autoridad militar (decreto n° 107). Ante esta prohibición la empresa acudió a los Tribunales de Justicia que, sorpresivamente, fallaron a su favor y de paso creó un precedente al respecto.
Durante este período los miembros del periódico debieron sortear persecuciones y censuras, de las cuales una de las más notorias fue cuando entre septiembre y noviembre de 1984, el gobierno impuso a través de los bandos nº 19 y 21, la prohibición de publicar fotografías políticas en todos los medios de prensa. El Fortín Mapocho apareció con unos rectángulos negros en aquellos lugares donde debían ir las fotografías.
Entre 1984 y abril de 1987, el Fortín Mapocho fue un semanario que aparecía todos los lunes. Fue un espacio que le dio cabida a la pluralidad de corrientes opositoras al régimen militar, de tal manera de aunar las voces de denuncia contra los atropellos a los derechos humanos que ocurrían en Chile.
Al poco tiempo se transformó en el medio de comunicación más representativo de la oposición a la dictadura, que por medio de reportajes de investigación periodística, grandes titulares, aciertos fotográficos y de x“Margarita” -caricatura de una colegiala creada por Gustavo Donoso Véliz (Gus) que aparecía en algún lugar de la portada del Fortín Mapocho haciendo ácidos comentarios sobre la situación política y social de Chile- se convirtió en el medio de canalización del creciente malestar social.
Esta situación hizo que el diario fuese considerado peligroso por el régimen militar, lo que se tradujo en constantes amenazas y amedrentamientos, hasta que en abril de 1987 Jorge Lavanderos, entonces presidente de la publicación, fue interceptado por un grupo de agentes de la CNI, arrastrado fuera de su automóvil, golpeado y abandonado en la calle, debido a la información que había obtenido sobre los oscuros negocios inmobiliarios de Augusto Pinochet. Lavanderos pasó 17 días bajo tratamiento intensivo a causa de una grave fractura de cráneo provocada por los múltiples golpes y los documentos desaparecieron. Sin embargo, gracias a un respaldo de la información, el Fortín Mapocho publicó la noticia en un folleto gratuito de cuatro páginas.
Así se inicia una tercera y última etapa del diario a fines de 1986, cuando fue aprobada oficialmente la creación de dos nuevos periódicos: el Fortín Mapocho y La Época. Los directivos de la publicación, incluso antes del inicio de esta tercera fase, estaba conformada por importantes figuras de la oposición chilena como: Sergio Bitar, Manuel Bustos, Mariano Fernández, Claudio Huepe, Ricardo Lagos, Jorge Schaulsohn y Patricia Verdugo, entre otros.
Con todo, además de la censura de sus contenidos, tanto en el texto como en las imágenes, Fortín Mapocho debió enfrentar problemas internos, principalmente de financiamiento, rotación de cargos y directivos que se agudizó hacia fines de la década de los ochenta, lo que sumado a la profundización de los problemas económicos, la disminución de los lectores y avisadores, y la aparente pérdida de objetivos tras la llegada de la democracia, le conducirían hacia su fin.
Tras la partida de uno de sus primeros directores, Jorge Donoso, asumió el periodista Felipe Pozo, quién se mantendría en el cargo por un breve período de tiempo, debido a la crisis que estaba viviendo el periódico. Luego que Ismael Llona dejara el cargo el subdirector, asumió de forma interina Eduardo Trabucco. Posteriormente, la dirección fue ocupada al menos por otras cuatro personas, entre ellos, Irene Celis (directora subrogante), Wladimir Aguilera e Ibar Aibar.
Así, el 6 de julio de 1991 fue publicado por última vez uno de los diarios chilenos más representativos de la oposición a la dictadura militar. Con 44 años de existencia, el consejo administrativo decide tomar la decisión – según apareció en la edición de ese día- de cerrar temporalmente la publicación para llevar a cabo una reestructuración, que nunca se llevó a cabo, lo que produjo el cierre definitivo del periódico.
Con posterioridad al logro de los objetivos políticos que el periódico sustentaba, y apurados por graves problemas de financiamiento, su Consejo de Administración resolvió su cierre, circulando por última vez el sábado 6 de julio de 1991.