La cartera del Ministerio del Interior y Seguridad Pública ha recibido diversas denominaciones al largo de los años, que son: Secretaría de Gobierno; Secretaría de Interior; Ministerio de Gobierno; Ministerio de Gobierno y de Relaciones Exteriores; Ministerio del Interior y de Relaciones Exteriores; Ministerio del Interior; Ministerio del Interior y Seguridad Pública.
En el año 1970, con el triunfo de la Unidad Popular en las elecciones presidenciales de ese año, el presidente Salvador Allende ha designado como Ministros del Interior: José Tohá González, 03 de noviembre de 1970 - 22 de enero de 1972; Alejandro Ríos Valdivia, 22 de enero de 1972 - 10 de febrero de 1972; Hernán del Canto Riquelme, 10 de febrero de 1972 - 8 de agosto de 1972; Jaime León Suárez Bastidas, 8 de agosto de 1972 - 2 de noviembre de 1972; Carlos Prats González 2 de noviembre de 1972-27 de marzo de 1973; Gerardo Espinoza Carrillo, 27 de marzo de 1973 - 5 de julio de 1973; Carlos Briones Olivos, 5 de julio de 1973 - 9 de agosto de 1973; Orlando Letelier del Solar, 9 de agosto de 1973 - 23 de agosto de 1973; Carlos Briones Olivos, 23 de agosto de 1973 -11 de septiembre de 1973.
Con el golpe cívico-militar en el 11 de septiembre de 1973, la Junta Militar suspendió el ejercicio de la Constitución de 1925, pese a que formalmente se declaró que ésta continuaba vigente. Por otra parte, se disolvió el Congreso Nacional. El dictador Augusto Pinochet Ugarte, quien luego asumió como presidente del país en diciembre de 1974, designó los siguientes militares y civiles como Ministros del Interior: Óscar Bonilla Bradanovic, 12 de septiembre de 1973 - 11 de julio de 1974; César Raúl Benavides Escobar ,11 de julio de 1974 - 14 de abril de 1978; Sergio Fernández Fernández, 14 de abril de 1978 - 22 de abril de 1982; Enrique Montero Marx, 22 de abril de 1982 - 10 de agosto de 1983; Sergio Onofre Jarpa Reyes, 10 de agosto de 1983 - 12 de febrero de 1985; Ricardo García Rodríguez, 12 de febrero de 1985 - 11 de julio de 1987; Sergio Fernández Fernández, 11 de julio de 1987 - 21 de octubre de 1988; Carlos Cáceres Contreras, 21 de octubre de 1988 - 11 de marzo de 1990
El Ministerio del Interior ha estado estrechamente vinculado con los órganos de la represión de la dictadura, estableciendo una fuerte comunicación, entre otros, con la Dirección Nacional de Inteligencia (DINA) y la Central Nacional de Informaciones (CNI), así como con el Ministerio de Relaciones Exteriores.
Hoy, bajo el Ministerio del Interior y Seguridad Pública están la Subsecretaría del Interior, la más antigua; la Subsecretaría de Desarrollo Regional y Administrativo, creada en la dictadura el año 1985; y la Subsecretaría de Prevención del Delito, creada en 2011.
La Subsecretaría del Interior, por mandato legal, es el órgano de colaboración inmediata del ministro en materias relativas a la seguridad y orden público, al crimen organizado y todo lo relacionado con la coordinación territorial del Gobierno, a través de los gobiernos regionales y provinciales. También es la sucesora, para todos los efectos legales, reglamentarios y contractuales, de las Subsecretarías de Carabineros e Investigaciones, y le corresponderá hacerse cargo de los derechos y obligaciones de los que éstas fueren titulares y que existieren o se encontraren pendientes a la fecha de su supresión. Además de esas materias, es responsabilidad de esta subsecretaría del Interior todo lo relacionado con la administración y supervisión de Pasos Fronterizos, Extranjería y Migración, Fondo Social, Pensiones de Gracia, Exonerados Políticos, Derechos Humanos, a través del programa que lleva su nombre y del Gobierno Interior.
A su vez, el Programa de Derechos Humanos, dependiente de la Subsecretaría del Interior, fue creado por el Decreto Supremo N° 1.005 del Ministerio del Interior, de 1997, con la finalidad de continuar con las tareas de promover y contribuir en las acciones tendientes a determinar el paradero y las circunstancias de la desaparición o muerte de las personas detenidas desaparecidas y de aquellas que, no obstante existir reconocimiento legal de su deceso, sus restos no han sido ubicados. Esta tarea era desarrollada por su antecesora, la Corporación Nacional de Reparación y Reconciliación, que dejó de tener existencia legal el 31 de diciembre de 1996.
En el año 2001, como resultado de la reapertura de numerosas causas judiciales, luego de los acuerdos de la Mesa de Diálogo y de las interposiciones de querellas por parte de algunos familiares de víctimas, se dispuso un reforzamiento de las instancias judiciales, designándose jueces con dedicación exclusiva y acumulándose las causas relacionadas.
En un plano institucional, el Gobierno de la época resolvió reestructurar el Programa de Derechos Humanos, extendiendo sus acciones con el fin de fortalecer y profundizar el cumplimiento de los objetivos que emanan de la Ley Nº 19.123. La nueva Propuesta de Derechos Humanos, “No hay Mañana sin Ayer”, que diera a conocer el Ex Presidente de la República Ricardo Lagos Escobar, el 12 de agosto de 2003, marca un nuevo impulso en la actividad del Programa.
La entrada en vigencia de la Ley Nº 20.405, en diciembre de 2009, normativa especial que creó el Instituto Nacional de Derechos Humanos, otorgó al Programa de Derechos Humanos del Ministerio del Interior y Seguridad Pública nuevas facultades que le permiten aumentar su rango de acción. De este modo, con la nueva ley, el Programa de Derechos Humanos tiene la facultad de ejercer todas las acciones legales que sean necesarias para el cumplimiento de su función, incluida la de presentar querellas en casos de secuestro o desaparición forzada y de homicidio o ejecución sumaria.
Dependieron de la Subsecretaría del Interior dos Comisiones Especiales en materia de derechos humanos: la Comisión Nacional de Verdad y Reconciliación – Comisión Rettig, y la Comisión sobre Prisión Política y Tortura – Comisión Valech.
El 25 de abril de 1990, mediante el Decreto Supremo Nº 355, se creó la Comisión Nacional de Verdad y Reconciliación (CNVR) con la finalidad específica de contribuir al esclarecimiento global de la verdad sobre las más graves violaciones a los derechos humanos cometidas en los últimos años, sea en el país o en el extranjero. El 8 de febrero de 1991 la Comisión entregó su informe al Presidente de la República Patricio Aylwin Azócar. En él se dio cuenta de 3.550 denuncias recibidas, de las cuales 2.296 fueron reconocidas como víctimas de violaciones a los derechos humanos. El Presidente de la República dio a conocer al país el informe los primeros días de marzo de 1992 y en su comunicación pidió perdón a las víctimas en nombre del Estado de Chile.
En enero de 2001 el Presidente Ricardo Lagos Escobar recibió un informe con antecedentes sobre cerca de 200 casos de detenidos desaparecidos, reconociéndose que más de cien de ellos habían sido arrojados al mar. El Presidente de la República entrego esta información a la Corte Suprema y solicitó la designación de jueces con dedicación exclusiva para investigar sus casos. En este contexto, el Presidente Lagos propuso la creación de una comisión que pudiera determinar el universo de quienes sufrieron privación de libertad y fueron sometidos a torturas por razones políticas entre septiembre de 1973 y marzo de 1990. De este modo, el 11 de noviembre de 2003, mediante el Decreto Supremo Nº 1.040, se creó la Comisión Nacional sobre Prisión Política y Tortura, conocida por el nombre de su Presidente, Monseñor Sergio Valech Aldunate. Su tarea fue determinar quiénes son las personas que sufrieron privación de libertad y torturas por razones políticas, por actos de agentes del Estado o de personas a su servicio, en el período comprendido entre el 11 de septiembre de 1973 y el 10 de marzo de 1990. Su informe se presentó en noviembre de 2004, y hubo una etapa de reconsideración, entre noviembre de 2004 y mayo de 2005.