Según lo dispuesto en el Decreto Nº 606/988 – “Fecha de creación de Ministerio de Guerra y Marina, actual Ministerio de Defensa Nacional” – queda establecido como fecha de creación del Ministerio de Guerra y Marina el 22 de diciembre de 1828, fecha en la cual el general José Rondeau – designado Gobernador Provisorio por la Asamblea General Constituyente y Legislativa – asumió el cargo, formando el mismo día su Gabinete integrándolo con el coronel don Eugenio Garzón, como Ministro de Guerra y Marina, denominación esta que fue modificada el año 1933, cuando pasó a llamarse Ministerio de Defensa Nacional de Uruguay.
Durante la segunda mitad de la década del ‘60, en el marco de una tardía Guerra Fría contra el comunismo internacional, el Estado fue fortaleciendo su aparato policial y militar con la finalidad de combatir las acciones de las organizaciones de lucha armada, reprimir los ilícitos económicos y controlar el creciente descontento obrero y social causado por la crisis del país. Progresivamente, las Fuerzas Armadas (FFAA) fueron autolegitimando su papel en lo que llamaron la “guerra interna”, de “contrainsurgencia” o “antisubversiva”, un tipo de guerra intra-estatal o entre connacionales, que el Estado declara a sectores de su propia sociedad que caracteriza como “enemigos internos”.
En ese contexto, el proceso de autonomización de las FFAA como actor político nacional no se vivió de manera abrupta y fue pautado por la evolución de una normativa que legalizó e institucionalizó – sobre todo entre los años 1971 y 1974 – la participación de los militares en todas las actividades del país, incluso la injerencia cada vez mayor de la justicia militar en el juzgamiento de civiles.
La progresiva reestructuración del poder de las FFAA fue, también, un proceso de transformaciones del organigrama estatal, en particular, de los siguientes organismos: Ministerio de Defensa Nacional (MDN) – Servicio de Información de Defensa (SID); Junta de Comandantes en Jefe (JCJ); Estado Mayor Conjunto (ESMACO); Junta de Oficiales Generales (JOOGG); Comisión de Asuntos Políticos de las Fuerzas Armadas; Escuela de Seguridad y Defensa Nacional (ESEDENA). Las FFAA expandieron así su actividad, interviniendo e integrándose directamente en los cuadros de administración de ciertas áreas importantes del sector público. Pasaron a desempeñar la mayoría de los cargos políticos – Intendencias, Direcciones en Ministerios y puestos de particular confianza –, si bien los cargos de ministros fueron siempre ocupados por civiles, con excepción del Ministerio del Interior y del Ministerio de Defensa Nacional.
En 23 de febrero de 1973, mediante Decreto Nº 163/973, se constituye el Consejo de Seguridad Nacional (COSENA) que institucionaliza – por fuera de la Constitución – la presencia política permanente de las FFAA. El Poder Ejecutivo dictó el Decreto Nº 163/973 que, junto con la redacción inicial de la Ley Orgánica de las Fuerzas Armadas Nº 14.157, en febrero de 1974, dieron al COSENA la siguiente integración: Presidente de la República, Ministro del Interior, Ministro de Relaciones Exteriores, Ministro de Defensa Nacional, Ministro de Economía y Finanzas, Director de la Oficina de Planeamiento y Presupuesto (OPP) y Comandantes en Jefe de las tres Armas. Según lo estipulado por la Ley, el organismo actuaría por disposición del Presidente de la República, quien lo presidiría, o por iniciativa de alguno de sus miembros permanentes y tendría un secretario, cargo que sería ejercido por el jefe del Estado Mayor de las Fuerzas Conjuntas (ESMACO).
La integración del COSENA se vio modificada en el año 1974 tras la creación, por Decreto 537/974 de 28 de junio de 1974, del Consejo Económico y Social (CES), que también cumpliría funciones como órgano asesor del Poder Ejecutivo. Dicho órgano, bajo el objetivo del “desarrollo económico y social” que la “Seguridad Nacional” debía posibilitar, fue integrado por el presidente de la República, quien también lo presidia, por los Ministros de Defensa Nacional y Economía y Finanzas, el director de la Oficina de Planeamiento y Presupuesto y los Comandantes en Jefe de las tres Armas.
Por Ley Nº 14.227 de julio de 1974, el Consejo de Seguridad Nacional quedó finalmente integrado por: el Presidente de la República, el Ministro del Interior, Ministro de Relaciones Exteriores, Ministro de Defensa Nacional y los Comandantes en Jefe de las Fuerzas Armadas (FFAA).
En la órbita del Ministerio de Defensa Nacional se produjeran cambios de gran relevancia cuya prefiguración es anterior al golpe al golpe de Estado de 27 de junio de 1973, pero que cobraron fuerza de ley y adquirieron una importante coherencia institucional con la sanción de la Ley Orgánica Militar Nº 14.157 de febrero de 1974, por la cual el SID comenzó a depender de la Junta de Comandantes en Jefe (Ejército, Armada y Fuerza Aérea). Las Fuerzas Armadas asumieron, así, el control sobre el servicio de inteligencia coordinador del ámbito militar, que hasta el momento estaba bajo la jerarquía política y administrativa del Ministro de Defensa Nacional, incluso bajo ministros civiles. La Ley Orgánica Militar vigente hasta los inicios de la dictadura estipulaba que los órganos militares eran grandes reparticiones que componían el Ministerio de Defensa y que se encontraban en “dependencia directa” del mismo.
Con la Ley Orgánica de las Fuerzas Armadas, cada una de esas reparticiones pasó a ser concebida como un órgano de “Ejecución”, integrante del Ministerio de Defensa Nacional y dependiente del “Mando Superior”. En el nuevo marco jurídico, también el Ministerio de Defensa cambió su integración: no estaría integrado solamente por el Presidente de la República en acuerdo con el Ministro de Defensa Nacional, sino con dicho Ministro o el Consejo de Ministros. Por otro lado, se encontrarían organismos de “Asesoramiento, Planificación y Ejecución Conjunta”, como la Junta de Comandantes en Jefe (JCJ), dependiente no del ministro sino del “Mando Superior. En lo que respecta al Ministerio de Defensa mismo habrían órganos “Dependientes directamente del Ministerio de Defensa Nacional” y órganos de “Gobierno y Administración”.
El modo en que habrían de realizarse las designaciones de personal militar, en actividad o en retiro, en organismos ajenos al Ministerio de Defensa Nacional, fue previsto pela Ley Orgánica Militar de 1974. Allí se establece que los Destinos – ubicación que el personal militar ocupa dentro y fuera del MDN – serían otorgados por resolución del Poder Ejecutivo previa propuesta de cada Comandante en Jefe o de la Junta de Comandantes en Jefe. Las asignaciones de destino al interior del MDN serían realizadas por resolución del respectivo ministro, tras la previa propuesta de los Comandantes en Jefe. Por su parte, los destinos asignados al interior de cada Fuerza serían competencia exclusiva del respectivo Comandante.
También la Dirección Nacional de Información e Inteligencia (DNII), servicio policial especializado dependiente del Ministerio del Interior, tiene como uno de sus cometidos específicos la colaboración e intercambio de información con todos los servicios análogos del Estado, manteniendo un enlace permanente con el Ministerio de Defensa Nacional, conforme su Reglamento General bajado por Decreto del Poder Ejecutivo el 28 de diciembre de 1971.

Entre el 12 de junio de 1976 y julio de 1977 se dictaron ocho Actos Institucionales, firmados por el presidente Aparicio Méndez, el Ministro de Defensa y el Ministro del Interior, auto legitimados “en las facultades que le confiere (al Poder Ejecutivo) la institucionalización del proceso revolucionario”, según reza en los preámbulos de todos los actos institucionales. Estas medidas, “integran la iniciación de una etapa constructiva” y, hasta tanto no se aprobara el futuro proyecto constitucional, cuya fecha aún no se determinaba, permitirían ir regulando los problemas en sus términos generales durante e/período de transición en que nos encontramos” (Actos Institucionales Nº 3 y Nº. 5). Como puede apreciarse, las FFAA no dejaban de señalar expresamente en todas sus expresiones y documentos públicos, que su gobierno y dominación eran un “período transitorio”.
El 27 de julio de 1977 se aprueba el Acto Institucional Nº 7, que permitía pasar a “disponibilidad” a los funcionarios públicos y de allí destituirlos de sus cargos. Para darle cierto aire de legalidad, se invocó el Decreto-Ley Nº 10.388 de 1943, que en su Artículo 2º exigía la adhesión de los funcionarios públicos al sistema republicano representativo de gobierno, establecido en la Constitución. Entonces, la Comisión de Constitución y Legislación del Consejo de Estado recomendó al Poder Ejecutivo que ampliara el Decreto por el cual se exigía la Declaración de Fe Democrática a los funcionarios de la Universidad, y que alcanzara a todos los empleados públicos. Así es que con el Decreto-Ley Nº 14.248 se establecía como requisito esencial para la designación y mantenimiento en sus cargos la declaración jurada de adhesión al sistema republicano representativo de gobierno de todos los funcionarios públicos. Los Ministerios de Defensa e Interior, en un primer momento, eran los encargados de comprobar que los funcionarios estaban en condiciones – si cumplían o no con los requisitos – de ejercer la función.
Acerca de gastos confidenciales, la Ley Orgánica Militar habilitó la posibilidad de que los programas presupuestales del Ministerio de Defensa Nacional que respondieran a “planes militares secretos” quedaran eximidos de la obligación de pasar por los controles de los organismos competentes y registros de gastos por razones de “secreto militar”. Por otro lado, el peso de la Junta de Comandantes en Jefe en materia de control y ordenamiento de gastos se legitimó a nivel ministerial mediante artículos que habilitaban el constante “asesoramiento” de ésta al respectivo Ministerio a la hora de presentar proyectos de gastos específicos al Poder Ejecutivo.
De esta manera, a lo largo del periodo dictatorial se sucedieron reiteradas asignaciones presupuestales a organismos militares bajo el título “gastos confidenciales”. Así, resoluciones avaladas por el Ministro de Defensa Nacional o por el Presidente de la República daban cuenta del traspaso de fondos públicos a organismos, a veces identificados y otras no, de manera discrecional.
En lo que dice respeto a la creación de instrumentos jurídicos para la lucha contra las acciones armadas y los conflictos sociales, fue sancionada, el 10 de julio de 1972, la Ley Nº 14.068 – Ley de Seguridad del Estado y el Orden Interno – que incorporó al Código Penal Militar el “Capítulo VI BIS” que tipifica los delitos de “Lesa Nación”. Entre las medidas que se destacaron, se encuentran los delitos comunes que fueron calificados como delitos militares; se aumentaran los guarismos punitivos de varias figuras delictivas; se crearon tipos penales y se atribuyeron poderes especiales a las autoridades administrativas, entre otras disposiciones.
Fue así que con fecha 15 de agosto de 1972, el Poder Ejecutivo dictó un Decreto reglamentando el Artículo 35 de la Ley Nº 14.068, disponiendo que los imputados, procesados y condenados por delitos cometidos en el marco de las nuevas disposiciones legales (actividades subversivas) serían recluidos en la Colonia Educativa de Trabajo situada en Libertad, Departamento de San José, que funcionaba bajo la dependencia directa del Ministerio de Defensa Nacional. En tal sentido, y en cumplimiento de la Ley, se crearon varios centros de reclusión destinados a alojar a quienes cometieran delitos militares, fueran o no delitos de lesa nación. Así fue creado el Establecimiento Militar de Reclusión Nº 1 (Penal de Libertad) destinado a presos del sexo masculino, y el Establecimiento Militar de Reclusión Nº 2 (Penal de Punta de Rieles), para mujeres.
En el mes de julio de 1984, se reunió la VII Convención Médica Nacional citada por la Federación Médica del Interior y por la Comisión Intergremial Médica, quien representaba al Sindicato Médico del Uruguay, por ese entonces inhibido de actuar bajo esa denominación. En su seno, se realizaron denuncias contra médicos militares que se encontraban presentes, lo cual originó un debate que derivó en la aprobación de una Comisión Nacional de Ética Médica encargada de examinar la responsabilidad de sus asociados en los actos denunciados. Sin embargo, la labor de la Comisión de Ética Médica se vio obstaculizada por la resolución adoptada por el Ministerio de Defensa Nacional en agosto de 1984, prohibiendo la concurrencia de los médicos militares a prestar declaración ante ella. Así mismo, en 1985, el Ministro de Defensa Nacional, Dr. Juan Vicente Chiarino, apoyó la negativa del Servicio de Sanidad de las FFAA a permitir la consulta de historias clínicas de ex-detenidos, amparándose en el secreto profesional.