A Lei Nº 23, de 30 de outubro de 1891, reorganizou os serviços da administração federal, distribuindo-os por seis ministérios: Fazenda; Justiça e Negócios Interiores; Indústria, Viação e Obras Publicas; Relações Exteriores; Guerra; Marinha. Coube, naquele momento, ao Ministério da Justiça e Negócios Interiores os serviços e negócios relativos à administração da justiça local do Distrito Federal; administração da justiça federal no Distrito Federal e nos estados; polícia do Distrito Federal; administração do Corpo de Bombeiros; Guarda Nacional no Distrito Federal e nos estados; desenvolvimento das ciências, letras e artes, instrução e educação, incluindo a catequese dos índios; e demais serviços que pertenciam ao Ministério do Interior. O Ministério dispunha de uma Secretaria composta de três diretorias – a 1ª (dos Negócios da Justiça), a 2ª (dos Negócios da Instrução), a 3ª (dos Negócios Interiores) – e de uma Seção de Contabilidade (Artigo 5º).
O Decreto Nº 1.160, de 6 de dezembro de 1892, regulamentou a Secretaria de Justiça e Negócios Interiores no que diz respeito à sua organização e funcionamento. Essa legislação confirmou as três diretorias fixadas na Lei Nº 23/1891, denominando-as Diretoria Geral da Justiça, Diretoria Geral do Interior e Diretoria Geral da Instrução, além da Seção Geral de Contabilidade. A esta última, entre inúmeras atividades e competências, coube o arquivo da Secretaria, as certidões de papéis findos (Artigo 5°, X) e a sistematização e publicação no Diário Oficial do extrato do expediente diário, remetido pelas diretorias gerais (Artigo 5º, XX). O Decreto estabeleceu também que, para os trabalhos do Gabinete, o ministro deveria designar por aviso o funcionário de sua confiança como secretário, assim como os seus auxiliares (Artigo 43). As competências dos empregados do Gabinete eram: receber, abrir ou distribuir, pelas diretorias gerais, os papéis entrados na Secretaria; transmitir por escrito aos diretores gerais, em nome do ministro, ordens mais urgentes que não pudessem ser comunicadas diretamente pelo próprio; providenciar a expedição imediata dos atos cujos assuntos fossem mais urgentes, após assinados pelo ministro; auxiliar o ministro nos trabalhos que este reservasse para si; anunciar audiências e durante estas prestar ao ministro as informações que lhe fossem precisas para o despacho das partes; receber os papéis enviados da Secretaria para o despacho e assinatura do ministro, assim como preparar convenientemente os que deviam ser levados a despacho ou assinatura do chefe de Estado; incumbir-se da correspondência epistolar ou telegráfica do Gabinete e do arquivo desses atos; restituir à Secretaria, devidamente classificados, os papéis, que ficassem no Gabinete sem despacho ou assinatura, por ocasião de exoneração do ministro, e aos novos empregados do Gabinete, o registro dos atos reservados (Artigo 44).
O Decreto Nº 1.598, de 18 de novembro de 1893, fez algumas alterações na organização da Secretaria da Justiça e Negócios Interiores, que passou a compreender quatro diretorias gerais – Justiça, Interior, Instrução e Contabilidade – todas imediatamente subordinadas ao ministro e subdivididas, cada uma, em duas seções (Artigo 1º). A distribuição do serviço pelas três primeiras diretorias continuou a ser regida pelo Decreto Nº 1.160, de 6 de dezembro de 1892, incorporando as alterações constantes do referido decreto (Artigo 2º). O arquivo da Secretaria ficou a cargo da Diretoria do Interior, a ela competindo emitir certidões de papéis findos, autenticadas pela diretoria a que pertencesse o assunto.
No ano de 1949, por meio do Decreto Nº 26.302, de 3 de fevereiro, aprovou-se o regimento do Gabinete do Ministro da Justiça e Negócios Interiores. Por este Decreto, cabia ao Gabinete, entre outras atividades, estudar os assuntos e questões dependentes da deliberação do ministro, corresponder-se com a Secretaria da Presidência da República e com os demais órgãos superiores da administração, superintender os serviços auxiliares necessários, manter ligação com os diferentes órgãos do Ministério e redigir a correspondência oficial do ministro (Artigo 1º).
Pelo Decreto Nº 39.134, de 5 de maio de 1956, que aprovou novo regimento do Gabinete do Ministério da Justiça e Negócio Interiores, o Gabinete do Ministro (GM) tinha por finalidade o exame de assuntos e questões dependentes da deliberação do ministro e a execução dos expedientes. Organizava-se em Secretaria Geral (SGM), Setor de Estudos (SEGM), Setor de Divulgação (SDGM), Setor de Recepção e Representação (SRGM) e Portaria (PGM), conforme disposto no Artigo 3º dessa legislação.
O Decreto Nº 52.903, de 21 de novembro de 1963, ao aprovar novo regimento do Gabinete (GM) do Ministro da Justiça e Negócios Interiores, definiu como sua finalidade prestar assistência ao ministro no exame de assuntos e questões da pasta e a execução dos expedientes relacionados àqueles assuntos e questões (Artigo 1º). O Gabinete do Ministro tinha uma chefia, e foi organizado em Secretaria Administrativa, Secretaria Particular, Setor de Relações Públicas e Setor de Ordem Pública.
Com o Decreto Nº 53.084, de 5 de dezembro de 1963, foram organizadas delegacias regionais do Ministério da Justiça e Negócios Interiores (DRMJ), aproveitando a rede de delegacias regionais do Serviço de Assistência a Menores (SAM), então transferidas para o Ministério, ficando essas diretamente subordinadas ao Gabinete do Ministro. As delegacias regionais, apesar dessas modificações, continuaram a desempenhar as funções até então exercidas no que tangia à assistência a menores, além de passarem a administrar créditos assistenciais a entidades subvencionadas pelo Ministério da Justiça. As delegacias regionais do Ministério da Justiça e Negócios Interiores foram extintas pelo Decreto Nº 58.639, de 15 de junho de 1966.
O Decreto Nº 59.045, de 10 de agosto de 1966, aprovou novo regimento do Gabinete do Ministro (GM), tendo por finalidade prestar ao ministro de Estado assistência administrativa, jurídica, técnica, política, militar e de representação social (Artigo. 1º). O Gabinete foi organizado em Chefia de gabinete, Subchefia do Gabinete, Assessoria Administrativa, Assessoria de Assuntos Parlamentares, Assessoria de Imprensa, Rádio e Televisão, Assessoria Jurídica, Assessoria Militar, Secretaria Administrativa, Secretaria Particular (Artigo 2º).
Com o Decreto-Lei Nº 200, de 25 de fevereiro de 1967, que dispôs sobre a organização da administração federal e estabeleceu diretrizes para a reforma administrativa, o Ministério da Justiça e Negócios Interiores foi subdividido em duas pastas autônomas: Justiça e Interior. Cada ministério civil passou a dispor, como órgãos de assistência direta e imediata ao ministro de Gabinete, de Consultoria Jurídica e Divisão de Segurança e Informações, exceto o Ministério da Fazenda, no que tange à Consultoria Jurídica. Cabia, então, ao Gabinete, assistir o ministro em sua representação política e social, incumbindo-se das relações públicas e do preparo e despacho do expediente pessoal do ministro (Artigo 29). A Divisão de Segurança e Informações (DSI) do Ministério da Justiça foi criada pelo Decreto Nº 60.940, de 4 de julho de 1967, substituindo as anteriores Seções de Segurança Nacional (SSN). Cabia à Divisão de Segurança e Informações do Ministério da Justiça, como órgão de assessoramento do ministro de Estado e complementar do Conselho de Segurança Nacional, fornecer dados, observações e elementos necessários à formulação do conceito de estratégia nacional e do Plano Nacional de Informações; colaborar na preparação dos programas particulares de segurança e de informações relativos ao Ministério da Justiça e acompanhar a respectiva execução.
A primeira organização administrativa do Ministério da Justiça, após o Decreto-Lei Nº 200, de 1967, ocorreu com o Decreto Nº 64.416, de 28 de abril de 1969, que dispôs sobre a sua organização. No Artigo 20 desse Decreto, definiu-se, dentre os órgãos de assistência direta do ministro da Justiça, o Gabinete, a Consultoria Jurídica e a Divisão de Segurança e Informações. Competia ao Gabinete assistir o ministro de Estado em sua representação política e social, incumbindo-se das relações públicas e do preparo e despacho do expediente pessoal do ministro (Artigo 21).
O Decreto Nº 73.172, de 20 de novembro de 1973, que dispôs sobre a reorganização da Secretaria Geral do Ministério da Justiça, alocou parte das atividades e funções exercidas pelo Gabinete do Ministro na Secretaria. O artigo 3º desse Decreto definiu as seguintes competências da Secretaria Geral: coordenar as atividades de estatística demográfica, moral e política; dinamizar, através de processamento de dados, o planejamento, a supervisão, a coordenação e o controle das atividades setoriais, com a orientação técnica do órgão Central do sistema respectivo; exercer o controle da movimentação de subvenções sociais, no âmbito do Ministério da Justiça; promover a execução das atividades relacionadas com a documentação oficial, estabelecendo as respectivas normas e procedimentos; orientar, acompanhar e avaliar a atuação dos representantes do Ministério em Conselhos, Comissões, Grupos de Trabalho, Grupos Executivos e órgãos congêneres, permanentes ou temporários, propondo a respectiva designação ou substituição, no interesse de funcionamento mais eficiente e dinâmico; zelar pelo fiel cumprimento das diretrizes gerais do Governo no âmbito do Ministério da Justiça e apresentar os resultados do seu acompanhamento e avaliação; e exercer quaisquer outras atribuições que lhe forem cometidas pelo Ministro da Justiça. Pelo Decreto Nº 73.172, a Secretaria Geral do Ministério da Justiça foi organizada em Gabinete do Secretário-Geral, Subsecretaria de Planejamento, Subsecretaria de Coordenação, Subsecretaria de Documentação e Informática. No Artigo 5º, estabeleceu-se que as subsecretarias da Secretaria Geral seriam administradas por subsecretários, as divisões por diretores e o Gabinete pelo chefe do Gabinete, todos nomeados em comissão pelo Presidente da República.
Com o Decreto Nº 76.387, de 2 de outubro de 1975, que dispôs sobre a estrutura básica do Ministério da Justiça, retomou-se a organização anterior ao Decreto Nº 73.172/1973, fixando como órgãos de assistência direta e imediata ao ministro da Justiça o Gabinete do Ministro, a Consultoria Jurídica e a Divisão de Segurança e Informações (Artigo 2º). Cabia ao Gabinete do Ministro prestar assistência ao ministro em sua representação política e social e incumbir-se do preparo e despacho do expediente (Artigo 3º).