Luego de la Convención Preliminar de Paz que diera nacimiento al estado uruguayo, la Asamblea General Constituyente y Legislativa del Estado designó al General José Rondeau como Gobernador Provisorio. El 22 de diciembre de 1828 Rondeau asume el cargo, formando ese mismo día su gabinete de gobierno, y nombrando a Juan Francisco Giró para ocupar el recién creado cargo de “Ministro de Gobierno y Relaciones Exteriores”.
Primero denominado Ministerio de Gobierno y Relaciones Exteriores, pasó a llamarse, en finales de la década de 1860, Ministerio de Relaciones Exteriores.
En la década del ‘60, con la escalada autoritaria que llevó al golpe de Estado de junio de 1973, el Ministerio de Relaciones Exteriores cumplió diferentes funciones en la política represiva.
Como parte de la Doctrina de Seguridad Nacional cumplió su rol en función de la persecución y represión de los movimientos sociales y políticos, formó parte del discurso, por ejemplo, del Ministro de Relaciones Exteriores Alejandro Rovira, uno de los principales cuadros civiles del periodo de gobierno de Juan María Bordaberry y de la dictadura militar. En una ponencia para representantes de organizaciones estadounidenses acerca del tema “Política de Seguridad”, Alejandro Rovira argumenta lo siguiente: “Las Fuerzas Armadas no accedieron al gobierno para extender el certificado de defunción de la democracia representativa uruguaya, sino para habilitar a la República a que, en una marcha firme y segura, pueda inocuizar a los enemigos de la democracia que guarecidos en su seno traman su ruina, y procede a la recuperación institucional, material y espiritual del país”.
El 23 de febrero de 1973, mediante Decreto, se constituye el Consejo de Seguridad Nacional (COSENA) que institucionaliza – por fuera de la Constitución – la presencia política permanente de las FFAA. El Poder Ejecutivo dictó el Decreto Nº 163/973 que, junto con la redacción inicial de la Ley Orgánica de las Fuerzas Armadas Nº 14.157, en febrero de 1974, dieron al COSENA la siguiente integración: Presidente de la República, Ministro del Interior, Ministro de Relaciones Exteriores, Ministro de Defensa Nacional, Ministro de Economía y Finanzas, Director de la Oficina de Planeamiento y Presupuesto (OPP) y Comandantes en Jefe de las tres Armas. En julio de 1974, por Ley Nº 14.227, el Consejo de Seguridad Nacional quedó finalmente integrado por: el Presidente de la República, el Ministro del Interior, Ministro de Relaciones Exteriores, Ministro de Defensa Nacional y los Comandantes en Jefe de las Fuerzas Armadas (FFAA).
El órgano de inteligencia del Ministerio de Relaciones Exteriores fue el Servicio de Información Exterior (SIE), vinculado a los demás órganos de información y represión de la dictadura uruguaya. Los servicios de inteligencia estaban así organizados, conforme el Decreto de la Junta de Comandantes en Jefe: “el Servicio de Inteligencia de Defensa (SID) operativamente estará integrado con el Estado Mayor Conjunto (ESMACO), la Dirección Nacional de Información e Inteligencia (DNII) y el Servicio de Información Exterior (SIE) del Ministerio de Relaciones Exteriores, constituirán el centro de información nacional, interior y exterior, de más alto nivel, en beneficio del Gobierno Nacional, la Junta de Oficiales Generales, la Junta de Comandantes en Jefe y los distintos organismos estatales vinculados a la seguridad y al desarrollo”. De ese modo percibiese que el SIE fue uno de principales órganos que componían el sistema de informaciones del aparato represivo uruguayo. Por eso, los cargos de Embajadores y Ministros eran considerados de total confianza por parte del Poder Ejecutivo.
El SIE fue responsable por el espionaje de uruguayos en el exterior, controlando sus actividades, remetiendo las informaciones al Ministerio de Relaciones Exteriores, al Departamento II (Exterior) del SID o al ESMACO. La documentación de los Archivos del Ministerio de Relaciones Exteriores muestra la producción del Departamento II (Exterior) en la elaboración de los Partes Especiales de Información (PEI) sobre la situación de personas detenidas o desaparecidas o asesinadas , casos que eran denunciados ante organismos internacionales y sobre los que el Estado uruguayo debía responder. Dichos Parte, a su vez, eran confeccionados a partir de la información proporcionada por distintos organismos de la inteligencia militar y policial. Por ejemplo, el 18 de mayo de 1976, Héctor Gutiérrez Ruiz y Zelmar Michelini fueron arrancados de sus casas y secuestrados por hombres armados en Buenos Aires, Argentina. Sus cuerpos, con signos de tortura, aparecieron el 20 de mayo junto al de William Whitelaw (un tupamaro escindido) y Rosario Barredo. Los cuatro estaban dentro de uno Ford Falcon de la época, en la esquina de Moreno y Dellepiane. Un día antes de los sepelios en Montevideo, las Fuerzas Conjuntas uruguayas emitieron un comunicado en el que recordaron que “con fecha 7 de setiembre de 1973, el primero de los nombrados (Héctor Gutiérrez Ruiz) fue requerido por la Justicia como sedicioso con el Nº 781. Se cursa el presente comunicado a efectos de anular la mencionada requisitoria y evitar que ciudadanos incautos enfoquen el suceso como si se tratara de un militante del Partido Nacional, verdad meramente formal, en virtud de haber dictaminado la justicia su integración con la subversión”. En uno de los avisos mortuorios que se publicaron en la prensa estaba la firma de Aurelio Terra, prosecretario de la presidencia de la República. El presidente de facto Juan María Bordaberry lo removió inmediatamente del cargo. A pesar de las múltiples gestiones realizadas, el Ministerio de Relaciones Exteriores uruguayo no presentó ningún reclamo ni solicitud de información a las autoridades argentinas.
En la sentencia Judicial de Segunda Instancia, causa seguida contra Juan María Bordaberry Arocena y Juan Carlos Blanco Estrade, por cuatro delitos de homicidio muy especialmente agravados, el Juez funda su decisión en hechos entre los cuales mencionase estos en el punto 13º, acerca de la Operación Cóndor o Plan Cóndor. Reseña que la existencia de dicha coordinación quedó de manifiesto cuando en setiembre de 2001 son desclasificados documentos del Departamento de Estado en los cuales se constata el conocimiento de los EUA de la existencia de ese Plan y su instrumentación. Entre esa documentación interesa destacar el Informe del agente del FBI Harry Schlaudeman en donde afirma que los regímenes militares de América Latina ahora coordinan sus actividades de inteligencia muy cercanamente, operan en el territorio de los países vecinos. El Informe señala que “el problema comienza con la definición de subversivo, nunca ha sido una palabra muy precisa”, agregando, también, que “el Ministro de Relaciones Exteriores uruguayo Juan Carlos Blanco, uno de los más brillantes y normalmente confiables miembros del grupo, fue el primero en describir la campaña contra los terroristas como ‘Tercera Guerra Mundial’. Justifica las duras y radicales medidas de ‘guerra’. Hace énfasis en el aspecto internacional e institucional, justificando las consecuencias del ejercicio del poder, más allá de los bordes nacionales”.
Los Ministros de Relaciones Exteriores de la dictadura cívico-militar (1973-1985) fueron:

• Ministerio de Relaciones Exteriores: Juan Carlos Blanco Estrade (31/10/1972 a 23/12/1976); Alejandro Rovira (23/12/1976 a 06/07/1978); Adolfo Folle Martínez (06/07/1978 a 16/02/1981); Estanislao Valdés Otero (17/02/1981 a 02/09/1982); y Carlos Maeso (02/09/1982 a 01/03/1985).
• Subsecretarios de Relaciones Exteriores: Guido Michelín Salomón, Enrique Delfante, Julio César Lupinacci, Felisberto Ginzo Gil y Heber Arbounet.

Cuanto a cargos de Embajadores y Representantes en la dictadura se menciona:
Embajadores: Jorge Pacheco Areco; Adolfo Folle Martínez; Carlos Manini Ríos; José Enrique Echeverry Stirling; Edgardo Abella; Raúl Soriano Mesia; Fernando Gómez Fyn; Osvaldo Soriano; Francisco Mario Ubillos; Raquel Lombardo De Bertolaza; Francisco Bustillo del Campo; Buenaventura Caviglia; Álvaro Alvarez; Gastón Sciara Rebollo; Carlos Duarte; Raúl Benavides y Adolfo Silva.
Ocuparon los cargos de representantes permanentes ante las Naciones Unidas, Carlos Alberto Roca y Carlos Giambruno; en la UNESCO estuvo Martín C. Martínez y en la OEA Mateo Márquez Seré; Carlos Alberto Roca y Francisco Bustillo del Campo. Representando a Uruguay en la Comisión de Derechos Humanos de la ONU están Carlos Giambruno; Juan José Real; Zulma Guelman; Luis A. Carrere; Carlos Nadal; Carlos Barroes Oreiro; Álvaro Moerzinger; José Calatayud Bosch; Ruben Díaz Porto y Graziella Dubra.