Quanto à formação da Companhia Docas dos Santos (CDS) foi em 1808 que D. João VI decretou a abertura dos portos do Brasil. O período que se seguiu foi de desorganização, crise econômica e corrupção. O contrabando, que envolvia funcionários públicos, era uma instituição nos desequipados portos brasileiros. Em 1869, o governo decidiu tomar providências para construção, nos diferentes portos do Império, de docas e armazéns para carga, descarga, guarda e conservação de mercadorias de exportação e importação. Em troca, concederia licenças de exploração de até noventa anos, entre outros privilégios. Durante dezessete anos, porém, as providências permaneceram no papel. Somente em 1886 realizou-se a concorrência. Antes disso, porém, houve duas tentativas frustradas de iniciar as obras, sem licitação.
No ano de 1886, uma licitação pública atraiu seis grupos de investidores. As propostas foram abertas em dezembro, e, em 1888, foram definidos os vencedores: José Pinto de Oliveira, C. Gafrée, Eduardo P. P. Guinle, João Gomes Ribeiro de Avelar, Dr. Alfredo Camilo Valdetaro, Benedito Antônio da Silva e Ribeiro e Barros & Braga. Em onze dias foi constituída a firma Gafrée, Guinle & Cia.; Cândido Gafrée e Eduardo Palassin Guinle tornaram-se gerentes e detentores de plenos poderes. Em 3 de novembro de 1892, com o porto já em operação, Gafrée, Guinle & Cia. foi incorporada para formar a Companhia Docas de Santos, que, além da construção e operação do porto, tinha como objetivos, conforme seus estatutos, o comércio em geral e os serviços de comissaria, agências de navegação e transportes terrestres.
No entanto, o estabelecimento da empresa contrariava interesses dos que auferiam lucros com o contrabando. Além disso, existiam sérias dúvidas sobre se a iniciativa privada teria capacidade de dar conta de tão grande empreendimento. Vencidas as adversidades, a empresa, fundada na última década do século XIX, funcionou por 92 anos, até transformar-se, em 1980, na Companhia Docas do Estado de São Paulo (CODESP), empresa de economia mista, de capital majoritário da União.
No que diz respeito ao Porto de Santos, a Companhia Docas dos Santos precisou transformar a própria cidade de Santos, cujas condições sanitárias eram de extrema precariedade, a ponto de 3.500 operários terem morrido na construção do porto, entre 1889 e 1892. Eram endêmicas a febre amarela, a malária, a peste bubônica, a varíola e a tuberculose. O primeiro trabalho da Companhia Docas dos Santos foi o saneamento do porto e da cidade de Santos, que não tinha serviço de água, nem de esgotos; o lixo era usado como aterro e as águas servidas eram lançadas nos cursos d'água. A construção do cais possibilitou a drenagem das águas contaminadas, enquanto a companhia pressionava as autoridades para que canalizassem a água e o esgoto ainda no fim do século XIX.
No início do ano de 1892 estavam prontos os primeiros 260 metros do porto, que em 2 de fevereiro daquele ano recebeu o primeiro navio, o cargueiro inglês Nasmyth. Em junho, os trilhos do cais já estavam interligados aos da São Paulo Railway.
No transcurso dos anos a Companhia Doca de Santos diversificou suas atividades. Como era exigência legal que empresas concessionárias de serviços públicos tivessem sede na capital federal, então o Rio de Janeiro, construiu-se, no número 46 da recém-aberta Avenida Central, hoje Rio Branco, um prédio majestoso. No processo de diversificação de atividades, em 1910 a Usina de Itatinga começou a fornecer eletricidade ao porto e à cidade de Santos. Cândido Gafrée e Eduardo P. Guinle haviam formado a Companhia Brasileira de Energia Elétrica (CBEE), que atuava em municípios fluminenses e baianos. Em Salvador, a CBEE comprou os direitos de exploração dos serviços telefônicos e de linhas de bonde. Passou também a atuar em Minas Gerais, Rio Grande do Sul e São Paulo.
Os investimentos foram se diversificando cada vez mais e em 1923 era inaugurado o Copacabana Palace Hotel, da família Guinle, que, a esta altura, havia perdido seu patriarca, Eduardo, morto em 1912. A sua fortuna era de US$ 2 bilhões, em valores atuais, o que fazia dos Guinle a família mais rica do país. Seu sucessor foi o primogênito, também chamado Eduardo, que dois anos depois deixaria o posto para dedicar-se a outros negócios da família, entre os quais a Casa Guinle & Cia., que logo obteve exclusividade na representação, para o Brasil, de todos os produtos da General Electric, da RCA Victor, da Otis, da American Locomotive, das máquinas de escrever Sherwin Williams e de vários fabricantes de centrais e aparelhos telefônicos, ferramentas, material ferroviário, guindastes etc. Eduardo seria também o construtor do Palácio Laranjeiras.
No ano de 1919 foi criada a Fundação Gafrée e Guinle, que em seu auge, durante os anos 1950, tinha treze ambulatórios médicos no Rio e em Santos, além de um hospital na Tijuca.
A segunda geração dos Guinle foi representada por Guilherme, terceiro filho de Eduardo Palassin Guinle (pai), que permaneceu quatro décadas à frente do grupo, que em sua gestão diversificou-se ainda mais. Guilherme foi fundador e presidente, por trinta anos, do Banco Boavista, e foi o primeiro empresário a descobrir petróleo na Bahia. Sucedeu-o Cândido Guinle de Paula Machado, por quase três décadas.
Por outro lado, tem-se que o fator econômico da atividade teve simplesmente o caráter liberal e não do desenvolvimento nacional, pois os proprietários ganharam fortunas e não houve a preocupação por parte dos governantes em construir uma política de investimentos, e o País ficou debilitado em relação a atividades portuárias permanentes, processo que principiou a ser revertido a partir de 1930, com a Revolução de 30 da Aliança Liberal.
Já no período da ditadura civil-militar iniciado em 1964, o enfoque nos portos era o de ser área de segurança, não tendo como objetivo o aumento de movimentação de mercadoria nem avanço tecnológico das operações portuárias, para tornar o porto um fator de desenvolvimento.
Com o passar do tempo, a presença do Estado na economia se fortaleceu e, em 1975, foi criada a Empresa de Portos do Brasil S/A (PORTOBRÁS), uma “holding” que representava o interesse do governo em centralizar as atividades portuárias. Desta maneira, seguindo o critério de centralização da administração pública federal vigente à época, iniciado no Estado Novo e intensificado após 1964, era consolidado o modelo monopolista estatal para o Sistema Portuário Nacional.
A PORTOBRÁS explorava os portos através de subsidiárias, as Companhias Docas, tendo também assumido a fiscalização das concessões estaduais e, até mesmo, dos terminais privativos de empresas estatais e privadas, aumentando muito, com isso, a burocracia nos portos.
Há relatos de sindicalistas portuários, funcionários da Companhia Doca dos Santos, que no ano de 1964 foram perseguidos, presos e trancafiados no navio-prisão Raul Soares, transformado em cárcere flutuante, no Porto de Santos. Testemunhos indicam que logo após o golpe de 31 de março, os sindicatos foram invadidos, e todos foram procurados para depor.
Houve a instauração de Inquérito Policial-Militar (IPM) do Porto de Santos, com 129 acusados. Os testemunhos apontam que como o sindicalismo de Santos era forte, a decretação de intervenção nos sindicatos e prisão dos sindicalistas num navio foi uma forma de intimidação, a fim de minar sua força e nossa resistência, exemplo esse que serviu para todo o País.
No ano de 1980, com o final do prazo de concessão, houve o término das operações portuárias da Companhia Docas dos Santos.