El 15 de agosto de 1954, Alfredo Stroessner Matiauda asumió la presidencia de Paraguay. Se inicia así la llamada “era de Stroessner” con la alianza política entre el Partido Colorado, y las Fuerzas Armadas, que perduró hasta 1989. La dictadura de Stroessner mantuvo el control total del Estado y de la sociedad, persiguiendo, eliminando, excluyendo, extirpando e incluso aniquilando cualquier foco, intento o proyecto de oposición y lucha, sean estos por la vía pacífica o armada.
El 3 de febrero de 1989, el Gral. Andrés Rodríguez encabezó un golpe de Estado y da inicio a un inédito período de apertura política y libertades públicas irrestrictas. Stroessner busca asilo en Brasilia. La transición no crea un nuevo régimen ni derrumba las viejas estructuras de poder y, por lo tanto, no podía responder a las demandas sociales de conocer la verdad sobre lo sucedido en su pasado reciente.
Sólo muchos años después fue posible crear una Comisión de Verdad y Justicia para desentrañar las violaciones de los derechos humanos cometidas durante aquellos años. Ello, a pesar de que el Paraguay era, desde 1992, el único país sudamericano que había recuperado, casi en su integridad, los documentos policiales de los años de dictadura de Stroessner.
La Comisión de Verdad y Justicia constituyó un logro de la sociedad civil y del Estado paraguayo. Su creación responde a una fuerza de voluntades que se iniciara en octubre del año 2002, con la petición de organizaciones sociales y de derechos humanos –en particular de las asociaciones de víctimas de la dictadura agrupadas en la Mesa Memoria Histórica y Archivos de la Represión, para la conformación de la Comisión de Verdad y Justicia. Los informes de la OEA y de Naciones Unidas sobre la situación de los Derechos Humanos en Paraguay, también habían recomendado la creación de una Comisión de la Verdad que investigue las violaciones ocurridas desde 1954 hasta 1989. El acuerdo del Parlamento Nacional y del Poder Ejecutivo se concretó con la sanción y promulgación de la Ley 2225/2003.
La Comisión de Verdad y Justicia buscó establecer en forma oficial la verdad y la justicia histórica sobre los hechos de violación de los derechos humanos ocurridos básicamente durante la dictadura stronista (1954-1989). El núcleo de la investigación fueron los grandes hechos de violación de los derechos humanos: desapariciones forzadas de personas y ejecuciones extrajudiciales, privaciones ilegales de la libertad, tortura y otros tratos o penas crueles, inhumanos o degradantes, exilio de paraguayas y paraguayos, y otros casos, así como la situación de derechos humanos de las niñas y los niños, indígenas, las mujeres, y el tema de tierras rurales mal habidas.
De esta forma, la Comisión recogió testimonios y entrevistas de 2059 personas en su sede central, Asunción, y sedes regionales, de Misiones, Caaguazú, Alto Paraná y Cordillera, las cuales fueron habilitadas para facilitar a las víctimas su testimonio. Los Comisionados y los entrevistadores realizaron entrevistas y recibieron testimonios en las ciudades de: Quiindy, Paraguarí, San Pedro del Paraná, San Pedro del Ycuamandyyú, Encarnación, María Auxiliadora, Caazapá, Concepción, San Estanislao, Alto Paraguay, entre otras. Asimismo, se registraron y tomaron testimonios en Brasil, España y especialmente en Argentina.
La CVJ ha analizado el testimonio de 9.923 víctimas directas de la dictadura según su base de datos, con informaciones que aparecen en otros archivos, como los de la Defensoría del Pueblo, del Centro de Documentación y Archivo del Poder Judicial (CDyA o “Archivo del Terror”), del Comité de Iglesias para Ayudas de Emergencia (CIPAE) y del Centro de Estudios Paraguayos Antonio Guasch (CEPAG). También tuvo en cuenta los archivos y documentaciones judiciales, policiales y militares. Las Fuerzas Armadas abrieron sus archivos, así como el Ministerio de Relaciones Exteriores, y miles de documentos fueron compilados.
La Comisión pudo desarrollar su mandato gracias al respaldo del Estado paraguayo, en particular del Ministerio de Relaciones Exteriores, Ministerio de Educación, Procuraduría General de la República, el Tribunal Superior de Justicia Electoral y la Corte Suprema de Justicia. Aunque la Comisión contó para su funcionamiento con un presupuesto financiero estatal insuficiente, la cooperación internacional colaboró de manera decisiva. Vale la pena destacar los aportes de la Acción Ecuménica Sueca (Diakonia); de las embajadas de Alemania, Argentina y Suiza; del Ministerio de Gobierno de la Provincia de Misiones, y de la Universidad Nacional de Misiones, Argentina; del Ministerio del Interior de Chile; la Universidad Roma Tree; de la Agencia Española de Cooperación y Desarrollo; del Sistema de las Naciones Unidas del Paraguay a través del Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD).
También fue decisivo el aporte de las universidades Católica y Columbia del Paraguay; de la Pastoral Social de la Conferencia Episcopal Paraguaya; del Comité de Iglesias para Ayudas de Emergencia (CIPAE); del Servicio Jurídico Integral para el Desarrollo Agrario (SEIJA); y de los organismos nacionales de derechos humanos como: Callescuela; la Coordinadora de Luchadores/as y Víctimas de la Dictadura; las organizaciones de Familiares de Detenidos, Desaparecidos y Asesinados por Razones Políticas del Paraguay; la Fundación “Celestina Pérez Almada”; el Movimiento Nacional de Víctimas de la Dictadura; la Coordinadora de los Derechos Humanos del Paraguay (CODEHUPY); la Mesa de la Memoria Histórica y Archivos de la Represión.
La Comisión también presentó, ante los organismos judiciales competentes, casos de violaciones de derechos humanos, en particular casos de tortura, tratos o penas crueles, inhumanas y degradantes, así como desaparición forzada de personas, y formuló denuncias entre mayo del 2006 y marzo del 2008. El dictamen fiscal sostuvo que la tesis institucional de la fiscalía paraguaya desde hace 15 años es que los delitos de tortura estaban prescritos, tesis aceptada por el juez de primera instancia, en fallo hoy apelado. Esta posición es contraria a lo sustentado en el derecho internacional de los derechos humanos, en la doctrina Paciello de la Corte Suprema de Justicia del Paraguay y en la Convención sobre Imprescriptibilidad de Crímenes de Guerra y Lesa Humanidad ratificada por Paraguay.