CAREF fue creada en el año 1973 por las iglesias protestantes en Argentina y bajo mandato del Consejo Mundial de Iglesias para dar respuesta al ingreso masivo de refugiados políticos chilenos a Argentina como consecuencia del golpe militar que derrocó al presidente Salvador Allende. Desde su creación, CAREF comenzó una tarea de recepción y asistencia a los chilenos exiliados que encontraron en Argentina un primer lugar de refugio y continuó trabajando ininterrumpidamente a lo largo de todos los años que duró el gobierno militar en Argentina (1976-1983).
Particularmente en este período, los coordinadores y trabajadores de CAREF debieron sortear persecuciones, allanamientos, amenazas y vigilancias que condicionaron los alcances de su ayuda pero no la limitaron completamente. En este marco, mientras una oleada significativa de argentinos, chilenos y uruguayos huían de Argentina por la escalada de violencia del régimen militar, en CAREF se mantuvieron las puertas abiertas. En este sentido, hubo otros casos de refugiados bajo el estatuto de ACNUR que se quedaron en Argentina en esos años y que requirieron de una gran atención por parte de la institución. Además de los refugiados latinoamericanos, CAREF recibió a migrantes provenientes de otras latitudes, por ejemplo, la inmigración recibida desde Laos, Camboya y Vietnam entre 1979 y 1981 que cuenta con un importante registro de expedientes en el archivo.
Con la vuelta de la democracia al país, en 1983 CAREF continuó brindando asistencia a otras poblaciones de refugiados políticos de las dictaduras de la región (chilenos, paraguayos, uruguayos y bolivianos), y participó en programas de reinserción de exiliados argentinos retornados. A partir de los años noventa hasta la actualidad, se incorporó la atención de una población heterogénea de migrantes latinoamericanos, de Europa del Este, asiáticos y africanos que llegaron a Argentina en búsqueda de oportunidades laborales, educativas o que llegaban al país solicitando refugio por distintos motivos. Esto significó para l ainstitución una labor sistemática de atención y respuesta a distintas necesidades, tanto de aseosramiento para la regularización del estatus migratorio y como en el apoyo oy orientación en casos d evulneración de derechos, incluuyendo la falta de acceso a servicios sociales, educación y salud.