El Instituto de Políticas Públicas en Derechos Humanos del MERCOSUR (IPPDH) se crea a partir de una propuesta realizada en 2006, durante la III Reunión de Altas Autoridades de Derechos Humanos y Cancillerías del MERCOSUR y Estados Asociados (RAADDHH), de establecer un organismo regional de derechos humanos, dada la relevancia de esta temática para la identidad y el desarrollo de los países del bloque.
En el transcurso de las reuniones plenarias siguientes se fue definiendo, a partir de los documentos elaborados por un Grupo de Trabajo ad hoc, la naturaleza, objetivos principales y estructura que tendría el organismo.
El 23 de julio de 2009, por Decisión del Consejo del Mercado Común (CMC) Nº 14/09, se aprobó la creación del IPPDH, y se definió que su objetivo principal es contribuir al fortalecimiento de los Estados de Derecho mediante el diseño y seguimiento de políticas públicas en derechos humanos, favoreciendo de este modo su consolidación. Por otra parte, mediante Decisión CMC Nº 32/09, se designó a la Ciudad Autónoma de Buenos Aires como sede del Instituto.